Foi em 1990, no decurso de uma Oficina Pedagógica organizada pelos Pólos de Ação Educativa de Alcácer do Sal e de Grândola (ver REDE DE PÓLOS DE AÇÃO EDUCATIVA DO DISTRITO DE SETÚBAL) que surgiu a ideia do Projeto de Escolas Rurais.
Concebido em resposta às queixas de alguns professores face ao profundo isolamento e abandono em que se encontravam eles e as suas crianças, imaginou-se um projeto em que crianças de várias aldeias (4 a 6) se concentrariam de 15 em 15 dias, rotativamente, numa delas (a aldeia ou escola hospedeira) para, em conjunto, realizarem atividades de variada natureza – ateliers, pesquisas na comunidade, jogos etc. Os professores aproveitariam a oportunidade para, também em conjunto, avaliarem o encontro anterior e planificarem o seguinte. A circunstância de esses encontros de crianças constituírem uma quebra da rotina escolar levou a que se designasse, o momento em que decorriam, por Dias Diferentes.
Propunha-se que as questões tratadas pelas crianças nesses dias fossem trabalhadas na sala de aulas assim como se propunha que o programa desses dias fosse debatido com as crianças, investindo-se inclusivamente na preparação de temas para serem apresentados por estas aos colegas.
O envolvimento das pessoas da comunidade nos Dias Diferentes seria assegurado, quer pela sua participação em algumas ou várias das iniciativas quer pela realização de um piquenique/merenda em que todos participassem.
A circunstância desta proposta surgir de quem, à época, coordenava o Projeto ECO explica que nela estivessem patentes algumas das linhas de força deste projeto (concretamente a tónica posta na relação escola comunidade).
O primeiro Dia Diferente iria acontecer em Alcácer a 15 de Janeiro de 1991: O ICE ainda não existia e os Pólos de Ação Educativa eram então “enquadrados” pela ESE de Setúbal. O Projeto nasce com o nome de “Projeto de Escolas Isoladas”